纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触这天晚上陈源没有立即离开地下洞窟，不是因为这个时候已经是深夜，而是因为他在等他的记忆完全恢复，可是等来等去，一直等到第二天早上八点多，他也没有等来脑海里记忆碎片狂涌的时刻，以前那种每天都会出现的记忆碎片好像都消失了，居然并没有因为风系元力的完全消散而全部恢复。了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激清的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。
